En ese sentido, además del clásico contra Olimpia, Motagua mantiene rivalidades históricas con los dos clubes sampedranos (Marathón, con quien disputa el denominado «clásico de las M’s», y Real España, club con el cual engalanan el denominado -de manera no oficial- «clásico del buen fútbol»). La rivalidad es también muy marcada en las graderías donde las dos barras bravas, la Ultra fiel del Olimpia y Los Revolucionarios del Motagua dejan un espectáculo a la vista aunque también en sus enfrentamientos en las calles, barrios y en el estadio ha dejado saldo de heridos y muertos.
