En los años 40 al terminar la Guerra Civil el Club sigue la tónica del resto de España, la política del Régimen Franquista influye en los símbolos del Club y en la gestión del mismo, siendo los presidentes elegidos por el Régimen. Sin embargo acabó la década con tres victorias en la Liga, la primera en 1945 con Sampitier, el crack de los años 20 como entrenador y con otra victoria en la Copa del Rey de 1942. También ganarán la Liga de 1948 y de 1949 con Enrique Fernández como entrenador.
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